1 апреля 1999г. решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви, согласно рапорту епископа Южно-Сахалинского и Курильского Ионафана, преподано благословение на преобразование Свято-Покровского прихода в г.Корсакове в Свято-Покровский мужской монастырь. Наместником обители был утвержден игумен СОФРОНИЙ (Шпак Сергей Петрович).

30 августа 2000г. исполняющим обязанности наместника Свято-Покровского мужского монастыря был назначен иеромонах ИОАСАФ (Сорокин Иоасаф Николаевич).

В феврале 2002г. исполняющим обязанности наместника Свято-Покровского мужского монастыря был назначен иеромонах АМВРОСИЙ (Ковалев Алексей Владимирович).

В июле 2005г. исполняющим обязанности наместника Свято-Покровского мужского монастыря был назначен игумен ВИТАЛИЙ (Кларитский Станислав Николаевич).

Игумен СЕРАФИМ (Скипин Владимир Николаевич)
С 16 марта 2006г. - 2 марта 2016г. - наместник Монастыря.
С 3 марта 2016г. - игумен Монастыря (типовой Устав Монастыря РПЦ с изменениями от 30 мая 2011 года).
28 декабря 2017г. утвержден игуменом Монастыря на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви - Журнал № 136 заседания Священного Синода РПЦ (МП) от 28.12.2017, Указ № 004-у от 12.01.2018 архиепископа Южно-Сахалинского и Курильского Тихона (Доровских))
25 августа 2020г. освобожден от обязанности руководителя Монастыря (Журнал № 72 заседание Священного Синода РПЦ (МП) от 25.08.2020)